WormBase Tree Display for Gene: WBGene00020049
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| WBGene00020049 | SMap | S_parent | Sequence | R13A5 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identity | Version | 2 | |||||||
| Name | CGC_name | ttr-8 | |||||||
| Sequence_name | R13A5.6 | ||||||||
| Molecular_name | R13A5.6 | ||||||||
| R13A5.6.1 | |||||||||
| CE01378 | |||||||||
| Other_name | CELE_R13A5.6 | Accession_evidence | NDB | BX284603 | |||||
| Public_name | ttr-8 | ||||||||
| DB_info | Database | AceView | gene | 3I654 | |||||
| WormQTL | gene | WBGene00020049 | |||||||
| WormFlux | gene | WBGene00020049 | |||||||
| NDB | locus_tag | CELE_R13A5.6 | |||||||
| Panther | gene | CAEEL|WormBase=WBGene00020049|UniProtKB=Q95Y93 | |||||||
| family | PTHR21700 | ||||||||
| NCBI | gene | 187856 | |||||||
| RefSeq | protein | NM_066256.2 | |||||||
| TREEFAM | TREEFAM_ID | TF315773 | |||||||
| TrEMBL | UniProtAcc | Q95Y93 | |||||||
| UniProt_GCRP | UniProtAcc | Q95Y93 | |||||||
| Species | Caenorhabditis elegans | ||||||||
| History | Version_change | 1 | 28 May 2004 13:31:02 | WBPerson1971 | Event | Imported | Initial conversion from CDS class of stlace from WS125 | ||
| 2 | 20 Sep 2007 11:48:01 | WBPerson2970 | Name_change | CGC_name | ttr-8 | ||||
| Status | Live | ||||||||
| Gene_info | Biotype | SO:0001217 | |||||||
| Gene_class | ttr | ||||||||
| Allele (12) | |||||||||
| Strain | WBStrain00002546 | ||||||||
| WBStrain00002210 | |||||||||
| RNASeq_FPKM (74) | |||||||||
| GO_annotation | 00089798 | ||||||||
| 00124774 | |||||||||
| Ortholog (29) | |||||||||
| Paralog (62) | |||||||||
| Structured_description | Concise_description | R13A5.6 encodes a protein containing a predicted signal sequence followed by a transthyretin-like domain; the product of R13A5.6 belongs to a family of apparently nematode-specific proteins whose function is not yet known; an R13A5.6::GFP promoter fusion directs expression outside of the nervous system. | Paper_evidence | WBPaper00002969 | |||||
| WBPaper00028592 | |||||||||
| Curator_confirmed | WBPerson1843 | ||||||||
| Date_last_updated | 04 Sep 2007 00:00:00 | ||||||||
| Automated_description | Predicted to be located in cell surface and extracellular region. | Paper_evidence | WBPaper00065943 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson324 | ||||||||
| WBPerson37462 | |||||||||
| Inferred_automatically | This description was generated automatically by a script based on data from the WS291 version of WormBase | ||||||||
| Date_last_updated | 29 Nov 2023 00:00:00 | ||||||||
| Molecular_info | Corresponding_CDS | R13A5.6 | |||||||
| Corresponding_transcript | R13A5.6.1 | ||||||||
| Other_sequence | Oden_isotig07417 | ||||||||
| GW412126.1 | |||||||||
| AI058126.1 | |||||||||
| AS10339 | |||||||||
| Tcir_isotig00736 | |||||||||
| SSC05805_1 | |||||||||
| JI468335.1 | |||||||||
| TDC02385_1 | |||||||||
| Oden_isotig07416 | |||||||||
| EL889119.1 | |||||||||
| ASC12874_1 | |||||||||
| LSC00928_1 | |||||||||
| Tcir_isotig23351 | |||||||||
| AS12970 | |||||||||
| ASC04046_1 | |||||||||
| JI182292.1 | |||||||||
| BF824693.1 | |||||||||
| FE907112.1 | |||||||||
| HBC02824_1 | |||||||||
| CJC10092_1 | |||||||||
| Dviv_isotig25551 | |||||||||
| ASC08731_1 | |||||||||
| HCC00828_1 | |||||||||
| SSC01716_1 | |||||||||
| ALC00448_1 | |||||||||
| AS02437 | |||||||||
| AS03181 | |||||||||
| EX011327.1 | |||||||||
| CBC00923_1 | |||||||||
| JI211320.1 | |||||||||
| HCC02143_1 | |||||||||
| EX912552.1 | |||||||||
| PTC01229_1 | |||||||||
| Tcol_isotig23652 | |||||||||
| CBC07196_1 | |||||||||
| Tcir_isotig25460 | |||||||||
| HC04347 | |||||||||
| ASC08269_1 | |||||||||
| BXC03616_1 | |||||||||
| ALC00522_1 | |||||||||
| Hbac_isotig03527 | |||||||||
| SSC06054_1 | |||||||||
| JO474954.1 | |||||||||
| HCC02778_1 | |||||||||
| EX913932.1 | |||||||||
| HC02915 | |||||||||
| PEC00455_1 | |||||||||
| HCC00410_1 | |||||||||
| BXC00972_1 | |||||||||
| EH005306.1 | |||||||||
| BE209015.1 | |||||||||
| BXC02860_1 | |||||||||
| Oden_isotig07420 | |||||||||
| PT00183 | |||||||||
| AM744218.1 | |||||||||
| ASC00921_1 | |||||||||
| JI464310.1 | |||||||||
| JI217189.1 | |||||||||
| JI211703.1 | |||||||||
| Tcir_isotig24324 | |||||||||
| AS02171 | |||||||||
| ASC02205_1 | |||||||||
| BU586166.1 | |||||||||
| AI151675.1 | |||||||||
| HC03811 | |||||||||
| EX009982.1 | |||||||||
| PEC00176_1 | |||||||||
| ES412489.1 | |||||||||
| SS01343 | |||||||||
| OVC01253_1 | |||||||||
| AI815312.1 | |||||||||
| Dviv_isotig24377 | |||||||||
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| Oden_isotig07419 | |||||||||
| Oden_isotig16167 | |||||||||
| ASC01997_1 | |||||||||
| OVC06496_1 | |||||||||
| AI438364.1 | |||||||||
| HC04899 | |||||||||
| AW519327.1 | |||||||||
| SS02521 | |||||||||
| JO473485.1 | |||||||||
| CJC10018_1 | |||||||||
| Tcir_isotig28151 | |||||||||
| EL888270.1 | |||||||||
| PE00041 | |||||||||
| JI212045.1 | |||||||||
| AS01313 | |||||||||
| JO471836.1 | |||||||||
| PVC00456_1 | |||||||||
| PE00553 | |||||||||
| HC00384 | |||||||||
| PSC01520_1 | |||||||||
| AIC00275_1 | |||||||||
| ACC00341_1 | |||||||||
| ACC03838_1 | |||||||||
| HC02593 | |||||||||
| ASC00700_2 | |||||||||
| Oden_isotig07418 | |||||||||
| CB043546.1 | |||||||||
| HCC00410_2 | |||||||||
| HBC05945_1 | |||||||||
| ASC26059_1 | |||||||||
| DN557946.1 | |||||||||
| Name_isotig08534 | |||||||||
| Hbac_isotig05620 | |||||||||
| HBC23466_1 | |||||||||
| AAC00019_1 | |||||||||
| Tcir_isotig24957 | |||||||||
| JI177455.1 | |||||||||
| BXC04866_1 | |||||||||
| HC04908 | |||||||||
| JK315394.1 | |||||||||
| PPC07351_1 | |||||||||
| DN190286.1 | |||||||||
| BU586030.1 | |||||||||
| HC04326 | |||||||||
| AW351410.1 | |||||||||
| BE720920.1 | |||||||||
| Associated_feature | WBsf227000 | ||||||||
| Experimental_info | RNAi_result | WBRNAi00051893 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||
| WBRNAi00017820 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00034918 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00006730 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| Expr_pattern | Chronogram1168 | ||||||||
| Expr4313 | |||||||||
| Expr6521 | |||||||||
| Expr6522 | |||||||||
| Expr1017010 | |||||||||
| Expr1155549 | |||||||||
| Drives_construct | WBCnstr00002952 | ||||||||
| WBCnstr00004469 | |||||||||
| WBCnstr00011912 | |||||||||
| WBCnstr00025402 | |||||||||
| Construct_product | WBCnstr00025402 | ||||||||
| Microarray_results (18) | |||||||||
| Expression_cluster (202) | |||||||||
| Interaction | WBInteraction000276290 | ||||||||
| WBInteraction000346034 | |||||||||
| Map_info | Map | III | Position | -0.667512 | Error | 0.000354 | |||
| Positive | Positive_clone | R13A5 | Inferred_automatically | From sequence, transcript, pseudogene data | |||||
| Pseudo_map_position | |||||||||
| Reference | WBPaper00002969 | ||||||||
| WBPaper00028592 | |||||||||
| Remark | Map position created from combination of previous interpolated map position (based on known location of sequence) and allele information. Therefore this is not a genetic map position based on recombination frequencies or genetic experiments. This was done on advice of the CGC. | CGC_data_submission | |||||||
| Method | Gene |
