WormBase Tree Display for Gene: WBGene00003924
expand all nodes | collapse all nodes | view schema
| WBGene00003924 | Evidence | CGC_data_submission | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SMap | S_parent | Sequence | Y110A7A | ||||||
| Identity | Version | 1 | |||||||
| Name | CGC_name | pas-3 | Person_evidence | WBPerson1551 | |||||
| Sequence_name | Y110A7A.14 | ||||||||
| Molecular_name | Y110A7A.14 | ||||||||
| Y110A7A.14.1 | |||||||||
| CE30307 | |||||||||
| Other_name | CELE_Y110A7A.14 | Accession_evidence | NDB | BX284601 | |||||
| Public_name | pas-3 | ||||||||
| DB_info | Database | AceView | gene | 1F674 | |||||
| WormQTL | gene | WBGene00003924 | |||||||
| WormFlux | gene | WBGene00003924 | |||||||
| NDB | locus_tag | CELE_Y110A7A.14 | |||||||
| Panther | gene | CAEEL|WormBase=WBGene00003924|UniProtKB=Q9N599 | |||||||
| family | PTHR11599 | ||||||||
| NCBI | gene | 172139 | |||||||
| RefSeq | protein | NM_001392262.1 | |||||||
| SwissProt | UniProtAcc | Q9N599 | |||||||
| TREEFAM | TREEFAM_ID | TF106209 | |||||||
| UniProt_GCRP | UniProtAcc | Q9N599 | |||||||
| Species | Caenorhabditis elegans | ||||||||
| History | Version_change | 1 | 07 Apr 2004 11:29:33 | WBPerson1971 | Event | Imported | Initial conversion from geneace | ||
| Status | Live | ||||||||
| Gene_info | Biotype | SO:0001217 | |||||||
| Gene_class | pas | ||||||||
| Allele | WBVar02146649 | ||||||||
| WBVar00636136 | |||||||||
| WBVar00636137 | |||||||||
| WBVar00636138 | |||||||||
| WBVar00333786 | |||||||||
| WBVar00333787 | |||||||||
| WBVar01499786 | |||||||||
| WBVar01498959 | |||||||||
| RNASeq_FPKM (74) | |||||||||
| GO_annotation (14) | |||||||||
| Contained_in_operon | CEOP1216 | ||||||||
| Ortholog (35) | |||||||||
| Paralog (13) | |||||||||
| Structured_description | Concise_description | pas-3 encodes a proteasome subunit alpha type-4 that affects embryonic viability, growth, fertility, and locomotion. | Paper_evidence | WBPaper00004402 | |||||
| WBPaper00006395 | |||||||||
| Curator_confirmed | WBPerson48 | ||||||||
| WBPerson1843 | |||||||||
| Date_last_updated | 09 Nov 2011 00:00:00 | ||||||||
| Automated_description | Predicted to be involved in proteasomal protein catabolic process. Predicted to be located in cytosol and nucleus. Predicted to be part of proteasome core complex, alpha-subunit complex. Is an ortholog of human PSMA4 (proteasome 20S subunit alpha 4). | Paper_evidence | WBPaper00065943 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson324 | ||||||||
| WBPerson37462 | |||||||||
| Inferred_automatically | This description was generated automatically by a script based on data from the WS291 version of WormBase | ||||||||
| Date_last_updated | 29 Nov 2023 00:00:00 | ||||||||
| Molecular_info | Corresponding_CDS | Y110A7A.14 | |||||||
| Corresponding_transcript | Y110A7A.14.1 | ||||||||
| Other_sequence | AYC00265_1 | ||||||||
| EV854326.1 | |||||||||
| ES412698.1 | |||||||||
| Dviv_isotig17607 | |||||||||
| EX008310.1 | |||||||||
| FF681817.1 | |||||||||
| CJC03427_1 | |||||||||
| NB06526 | |||||||||
| EX916740.1 | |||||||||
| ES566519.1 | |||||||||
| ES570678.1 | |||||||||
| HG08647 | |||||||||
| PTC03294_1 | |||||||||
| SS01273 | |||||||||
| NBC00377_1 | |||||||||
| TSC00303_1 | |||||||||
| FG620465.1 | |||||||||
| Tcir_isotig07851 | |||||||||
| TS03650 | |||||||||
| MP00111 | |||||||||
| GP01892 | |||||||||
| FD514179.1 | |||||||||
| FC811838.1 | |||||||||
| SFC00055_1 | |||||||||
| ES408925.1 | |||||||||
| HG07425 | |||||||||
| BU088218.1 | |||||||||
| SSC00905_1 | |||||||||
| EX013238.1 | |||||||||
| FG620456.1 | |||||||||
| ES413751.1 | |||||||||
| ES411616.1 | |||||||||
| MP01446 | |||||||||
| CR00069 | |||||||||
| DW718357.1 | |||||||||
| HSC00348_1 | |||||||||
| JI179474.1 | |||||||||
| FG589168.1 | |||||||||
| PT03916 | |||||||||
| GP02387 | |||||||||
| HGC01425_1 | |||||||||
| FC811557.1 | |||||||||
| Oden_isotig13262 | |||||||||
| MJC00532_1 | |||||||||
| XI00425 | |||||||||
| CR01898 | |||||||||
| Oden_isotig13261 | |||||||||
| SRC00703_1 | |||||||||
| FC816349.1 | |||||||||
| JK314797.1 | |||||||||
| GPC01719_1 | |||||||||
| HS00458 | |||||||||
| MJ01028 | |||||||||
| Acan_isotig22056 | |||||||||
| JI178516.1 | |||||||||
| Dviv_isotig17606 | |||||||||
| JI460682.1 | |||||||||
| BU087556.1 | |||||||||
| FC815287.1 | |||||||||
| ACC05745_1 | |||||||||
| MIC07745_1 | |||||||||
| FC809925.1 | |||||||||
| CRC02116_1 | |||||||||
| AM743803.1 | |||||||||
| XIC01988_1 | |||||||||
| ES412408.1 | |||||||||
| RSC00234_1 | |||||||||
| EX014118.1 | |||||||||
| TS00797 | |||||||||
| FC813067.1 | |||||||||
| GPC02851_1 | |||||||||
| DI00221 | |||||||||
| ES740058.1 | |||||||||
| SS01905 | |||||||||
| Tcol_isotig12507 | |||||||||
| DIC00849_1 | |||||||||
| Acan_isotig11447 | |||||||||
| ES411638.1 | |||||||||
| HG02443 | |||||||||
| BQ579836.1 | |||||||||
| BXC00767_1 | |||||||||
| GW411267.1 | |||||||||
| FC817419.1 | |||||||||
| MI08334 | |||||||||
| SR00910 | |||||||||
| Acan_isotig05817 | |||||||||
| ES412850.1 | |||||||||
| FC818784.1 | |||||||||
| CR08629 | |||||||||
| MPC00451_1 | |||||||||
| AE01465 | |||||||||
| JI480409.1 | |||||||||
| HG10893 | |||||||||
| BUC01198_1 | |||||||||
| TDC03288_1 | |||||||||
| PPC02878_1 | |||||||||
| FC817111.1 | |||||||||
| HGC03523_1 | |||||||||
| EX008295.1 | |||||||||
| FC815998.1 | |||||||||
| ES414232.1 | |||||||||
| EX910523.1 | |||||||||
| RS06043 | |||||||||
| HBC00992_1 | |||||||||
| PSC04160_1 | |||||||||
| CBC01529_1 | |||||||||
| CSC00076_1 | |||||||||
| Hbac_isotig02768 | |||||||||
| Acan_isotig16374 | |||||||||
| HG05561 | |||||||||
| NB06641 | |||||||||
| AE04486 | |||||||||
| DVC00471_1 | |||||||||
| NAC01793_1 | |||||||||
| HG05554 | |||||||||
| SSC04244_1 | |||||||||
| Associated_feature | WBsf649139 | ||||||||
| WBsf219369 | |||||||||
| Experimental_info | RNAi_result (27) | ||||||||
| Expr_pattern | Expr1014892 | ||||||||
| Expr1031857 | |||||||||
| Expr1158855 | |||||||||
| Expr2014742 | |||||||||
| Expr2032976 | |||||||||
| Drives_construct | WBCnstr00035794 | ||||||||
| Construct_product | WBCnstr00035794 | ||||||||
| Microarray_results (21) | |||||||||
| Expression_cluster (144) | |||||||||
| Interaction (171) | |||||||||
| Map_info | Map | I | Position | -0.41002 | Error | 0.00058 | |||
| Positive | Positive_clone | Y110A7A | Inferred_automatically | From CDS info | |||||
| From sequence, transcript, pseudogene data | |||||||||
| Pseudo_map_position | |||||||||
| Reference | WBPaper00031224 | ||||||||
| WBPaper00038491 | |||||||||
| WBPaper00048675 | |||||||||
| WBPaper00055090 | |||||||||
| WBPaper00056008 | |||||||||
| Remark | Map position created from combination of previous interpolated map position (based on known location of sequence) and allele information. Therefore this is not a genetic map position based on recombination frequencies or genetic experiments. This was done on advice of the CGC. | CGC_data_submission | |||||||
| Method | Gene |
