WormBase Tree Display for Gene: WBGene00000067
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WBGene00000067 | SMap | S_parent | Sequence | T25C8 | |||||
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Identity | Version | 1 | |||||||
Name | CGC_name | act-5 | Person_evidence | WBPerson259 | |||||
Sequence_name | T25C8.2 | ||||||||
Molecular_name | T25C8.2 | ||||||||
T25C8.2.1 | |||||||||
CE16463 | |||||||||
Other_name | CELE_T25C8.2 | Accession_evidence | NDB | BX284603 | |||||
Public_name | act-5 | ||||||||
DB_info | Database | AceView | gene | 3O694 | |||||
WormQTL | gene | WBGene00000067 | |||||||
SignaLink | protein | WBGene00000067 | |||||||
WormFlux | gene | WBGene00000067 | |||||||
NDB | locus_tag | CELE_T25C8.2 | |||||||
Panther | gene | CAEEL|WormBase=WBGene00000067|UniProtKB=O45815 | |||||||
family | PTHR11937 | ||||||||
NCBI | gene | 176793 | |||||||
RefSeq | protein | NM_067408.7 | |||||||
TrEMBL | UniProtAcc | O45815 | |||||||
UniProt_GCRP | UniProtAcc | O45815 | |||||||
Species | Caenorhabditis elegans | ||||||||
History | Version_change | 1 | 07 Apr 2004 11:29:20 | WBPerson1971 | Event | Imported | Initial conversion from geneace | ||
Status | Live | ||||||||
Gene_info | Biotype | SO:0001217 | |||||||
Gene_class | act | ||||||||
Allele (31) | |||||||||
Legacy_information | [C.elegansII] NMK. Sequence predicts protein with closer similarity to vertebrate cytoplasmic actin than act-123, act-4. act-5:lacZ expressed only in microvillous intestinal cells and excretory cell. [RW] | ||||||||
Strain | WBStrain00022158 | ||||||||
WBStrain00022159 | |||||||||
WBStrain00022160 | |||||||||
WBStrain00036213 | |||||||||
RNASeq_FPKM (74) | |||||||||
GO_annotation | 00035313 | ||||||||
00035314 | |||||||||
00035315 | |||||||||
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00035317 | |||||||||
00035318 | |||||||||
00035319 | |||||||||
Ortholog (36) | |||||||||
Paralog (11) | |||||||||
Structured_description | Concise_description | act-5 encodes an ortholog of human cytoplasmic actin; act-5 is required for formation of the terminal web and microvilli on the apical surface of intestinal cells; act-5 also plays a role in mediating non-lytic exit of intracellular parasites from the intestine; act-5 is expressed only in intestinal cells and in the excretory cell; in the intestine, ACT-5 localizes to microvilli and the terminal web. | Paper_evidence | WBPaper00025171 | |||||
WBPaper00040246 | |||||||||
Curator_confirmed | WBPerson1843 | ||||||||
WBPerson480 | |||||||||
Date_last_updated | 08 Apr 2014 00:00:00 | ||||||||
Automated_description | Involved in several processes, including larval feeding behavior; microvillus assembly; and positive regulation of eating behavior. Located in microvillar actin bundle and terminal web. Expressed in excretory cell; gonad; intestine; pharyngeal-intestinal valve; and rectal gland cell. | Paper_evidence | WBPaper00065943 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson324 | ||||||||
WBPerson37462 | |||||||||
Inferred_automatically | This description was generated automatically by a script based on data from the WS291 version of WormBase | ||||||||
Date_last_updated | 29 Nov 2023 00:00:00 | ||||||||
Molecular_info | Corresponding_CDS | T25C8.2 | |||||||
Corresponding_transcript | T25C8.2.1 | ||||||||
Other_sequence | HC03483 | ||||||||
HCC00199_7 | |||||||||
Oden_isotig11536 | |||||||||
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Name_isotig04562 | |||||||||
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BXC02712_1 | |||||||||
WBC03335_1 | |||||||||
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AYC03423_1 | |||||||||
Name_isotig08742 | |||||||||
Associated_feature (26) | |||||||||
Experimental_info | RNAi_result (23) | ||||||||
Expr_pattern | Expr3724 | ||||||||
Expr4555 | |||||||||
Expr4594 | |||||||||
Expr14933 | |||||||||
Expr1024157 | |||||||||
Expr1030028 | |||||||||
Expr1157664 | |||||||||
Expr2009225 | |||||||||
Expr2027462 | |||||||||
Drives_construct (20) | |||||||||
Construct_product (15) | |||||||||
Antibody | WBAntibody00001016 | ||||||||
WBAntibody00001783 | |||||||||
WBAntibody00002552 | |||||||||
Microarray_results (17) | |||||||||
Expression_cluster (282) | |||||||||
Interaction (460) | |||||||||
Map_info | Map | III | Position | 21.292 | Error | 0.00233 | |||
Positive | Positive_clone | T25C8 | Inferred_automatically | From sequence, transcript, pseudogene data | |||||
Mapping_data | Multi_point | 5609 | |||||||
5295 | |||||||||
Pseudo_map_position | |||||||||
Reference (47) | |||||||||
Remark | Map position created from combination of previous interpolated map position (based on known location of sequence) and allele information. Therefore this is not a genetic map position based on recombination frequencies or genetic experiments. This was done on advice of the CGC. | CGC_data_submission | |||||||
Method | Gene |