WormBase Tree Display for Variation: WBVar00143398
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WBVar00143398 | Evidence | Paper_evidence | WBPaper00005927 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Name | Public_name | e678 | |||||||
Sequence_details | Type_of_mutation | Deletion | |||||||
SeqStatus | Pending_curation | ||||||||
Variation_type | Allele | ||||||||
Origin | Species | Caenorhabditis elegans | |||||||
Strain (225) | |||||||||
Laboratory | CB | ||||||||
LW | |||||||||
Status | Live | ||||||||
Affects | Gene | WBGene00003056 | |||||||
Interactor (4) | |||||||||
Genetics | Mapping_data | In_2_point (46) | |||||||
In_multi_point | 164 | ||||||||
165 | |||||||||
166 | |||||||||
167 | |||||||||
168 | |||||||||
169 | |||||||||
170 | |||||||||
171 | |||||||||
173 | |||||||||
177 | |||||||||
230 | |||||||||
277 | |||||||||
278 | |||||||||
280 | |||||||||
281 | |||||||||
282 | |||||||||
357 | |||||||||
358 | |||||||||
359 | |||||||||
393 | |||||||||
395 | |||||||||
410 | |||||||||
415 | |||||||||
416 | |||||||||
417 | |||||||||
419 | |||||||||
421 | |||||||||
422 | |||||||||
423 | |||||||||
424 | |||||||||
531 | |||||||||
532 | |||||||||
533 | |||||||||
534 | |||||||||
535 | |||||||||
536 | |||||||||
551 | |||||||||
552 | |||||||||
582 | |||||||||
587 | |||||||||
612 | |||||||||
618 | |||||||||
619 | |||||||||
644 | |||||||||
645 | |||||||||
646 | |||||||||
731 | |||||||||
732 | |||||||||
789 | |||||||||
793 | |||||||||
794 | |||||||||
880 | |||||||||
916 | |||||||||
1194 | |||||||||
1207 | |||||||||
1208 | |||||||||
1212 | |||||||||
1213 | |||||||||
1319 | |||||||||
1320 | |||||||||
1321 | |||||||||
1322 | |||||||||
1328 | |||||||||
1339 | |||||||||
1342 | |||||||||
1346 | |||||||||
1353 | |||||||||
1369 | |||||||||
1387 | |||||||||
1540 | |||||||||
1546 | |||||||||
1547 | |||||||||
1550 | |||||||||
1551 | |||||||||
1588 | |||||||||
1739 | |||||||||
2005 | |||||||||
2087 | |||||||||
2171 | |||||||||
2227 | |||||||||
2228 | |||||||||
2229 | |||||||||
2230 | |||||||||
2231 | |||||||||
2232 | |||||||||
2233 | |||||||||
2234 | |||||||||
2289 | |||||||||
2290 | |||||||||
2291 | |||||||||
2292 | |||||||||
2428 | |||||||||
2441 | |||||||||
2442 | |||||||||
2453 | |||||||||
2461 | |||||||||
3243 | |||||||||
3272 | |||||||||
3293 | |||||||||
3322 | |||||||||
3323 | |||||||||
3378 | |||||||||
3516 | |||||||||
4784 | |||||||||
4794 | |||||||||
4795 | |||||||||
5465 | |||||||||
5472 | |||||||||
In_pos_neg_data (19) | |||||||||
Marked_rearrangement | szT1[lon-2(e678) unc-29(e403)] | ||||||||
szT1[lon-2(e678)] | |||||||||
Description | Phenotype | WBPhenotype:0000022 | Paper_evidence | WBPaper00005927 | |||||
WBPaper00000031 | |||||||||
WBPaper00029002 | |||||||||
WBPaper00043908 | |||||||||
WBPaper00005747 | |||||||||
Person_evidence | WBPerson261 | ||||||||
Curator_confirmed | WBPerson48 | ||||||||
WBPerson557 | |||||||||
WBPerson712 | |||||||||
WBPerson2987 | |||||||||
Remark | 50% longer than wild type | Paper_evidence | WBPaper00005927 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson48 | ||||||||
about 50% longer than wildtype at all stages | Person_evidence | WBPerson261 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Table 1 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Ease_of_scoring | ES3_Easy_to_score | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
WBPhenotype:0000050 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Remark | some embryonic lethality | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Penetrance | Incomplete | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
WBPhenotype:0000164 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0000444 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Remark | Male bursa slightly elongated. Mating always successful (ME3), possibly mating not successful (ME0) at 25C. | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Penetrance | Incomplete | Person_evidence | WBPerson261 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
WBPhenotype:0000961 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Remark | Table 1 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0001005 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0001183 | Paper_evidence | WBPaper00053362 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson25685 | ||||||||
WBPhenotype:0001412 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Remark | Authors report "multiple or discontinuous ala" (Table 1) | Paper_evidence | WBPaper00005747 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0001517 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Remark | Authors report "abnormal branched annuli (lateral hypodermis)" and "wide annuli" (Table 1) | Paper_evidence | WBPaper00005747 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Phenotype_assay | Genotype | kaIs12 [col-19::gfp] | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002284 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002289 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002293 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002295 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002300 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002301 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002309 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002312 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002319 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002322 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002325 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002337 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0002345 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0004022 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
WBPhenotype:0004023 | Paper_evidence | WBPaper00043908 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2987 | ||||||||
Phenotype_not_observed | WBPhenotype:0000505 | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Remark | Males are not Ram. | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
EQ_annotations | Anatomy_term | WBbt:0006941 | PATO:0000460 | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Life_stage | WBls:0000056 | PATO:0000460 | Paper_evidence | WBPaper00001328 | |||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Phenotype_assay | Temperature | 20C | Paper_evidence | WBPaper00001328 | |||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
Genotype | him-5(e1490) | Paper_evidence | WBPaper00001328 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||||
WBPhenotype:0001652 | Paper_evidence | WBPaper00032446 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
WBPhenotype:0001767 | Paper_evidence | WBPaper00032413 | |||||||
Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
Remark | No significant defects in embryonic DA/DB motor neuron left/right projection patterns (Figure S1A). | Paper_evidence | WBPaper00032413 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
Variation_effect | Null | Paper_evidence | WBPaper00032413 | ||||||
Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||||
Reference (33) | |||||||||
Remark | e678 is a ~9 kb deletion | ||||||||
Variation stub/paper connection generated from the May 2021 NN VFP dataset. | |||||||||
Created by WBPerson51134 from the NN_VFP_triage_pipeline | |||||||||
Method | Deletion_allele |