WormBase Tree Display for Variation: WBVar00142996
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| WBVar00142996 | Evidence | Paper_evidence | WBPaper00003083 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Name (3) | |||||||
| Sequence_details | SMap | S_parent | Sequence | F42D1 | |||
| Flanking_sequences | agttgcttttggcacagcaagtccgaactg | ggagaggtaattttctattatctggaggga | |||||
| Mapping_target | F42D1 | ||||||
| Type_of_mutation | Substitution | g | a | Paper_evidence | WBPaper00003083 | ||
| SeqStatus | Sequenced | ||||||
| Variation_type | Allele | ||||||
| Origin | Species | Caenorhabditis elegans | |||||
| Strain (81) | |||||||
| Laboratory | CB | ||||||
| Status | Live | ||||||
| Affects | Gene | WBGene00006743 | |||||
| Transcript | Y16B4A.1.1 | VEP_consequence | stop_gained | ||||
| VEP_impact | HIGH | ||||||
| HGVSc | Y16B4A.1.1:c.927G>A | ||||||
| HGVSp | CE29366:p.Trp309Ter | ||||||
| cDNA_position | 980 | ||||||
| CDS_position | 927 | ||||||
| Protein_position | 309 | ||||||
| Exon_number | 9/14 | ||||||
| Codon_change | tgG/tgA | ||||||
| Amino_acid_change | W/* | ||||||
| Interactor (17) | |||||||
| Genetics | Interpolated_map_position | X | 21.3236 | ||||
| Mapping_data | In_2_point (31) | ||||||
| In_multi_point (41) | |||||||
| In_pos_neg_data | 1845 | ||||||
| 1866 | |||||||
| 1880 | |||||||
| 1896 | |||||||
| 1901 | |||||||
| 1904 | |||||||
| 1920 | |||||||
| 1936 | |||||||
| 1952 | |||||||
| 1968 | |||||||
| 1984 | |||||||
| 2007 | |||||||
| 2016 | |||||||
| 2032 | |||||||
| 2048 | |||||||
| 2067 | |||||||
| 2095 | |||||||
| 2124 | |||||||
| 2152 | |||||||
| 2164 | |||||||
| 2182 | |||||||
| 2199 | |||||||
| 2204 | |||||||
| 2211 | |||||||
| 2217 | |||||||
| 2223 | |||||||
| 2229 | |||||||
| 2230 | |||||||
| 2234 | |||||||
| 2252 | |||||||
| 2253 | |||||||
| 2274 | |||||||
| 2278 | |||||||
| 2284 | |||||||
| 2314 | |||||||
| 2325 | |||||||
| 5503 | |||||||
| Description | Phenotype (28) | ||||||
| Phenotype_not_observed | WBPhenotype:0000054 | Paper_evidence | WBPaper00040449 | ||||
| Curator_confirmed | WBPerson15063 | ||||||
| WBPhenotype:0000597 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||
| Remark | tail active | Person_evidence | WBPerson261 | ||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||
| WBPhenotype:0001265 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||
| Remark | good head movement | Person_evidence | WBPerson261 | ||||
| Curator_confirmed | WBPerson712 | ||||||
| WBPhenotype:0001652 | Paper_evidence | WBPaper00032446 | |||||
| Curator_confirmed | WBPerson2021 | ||||||
| Reference (23) | |||||||
| Method | Substitution_allele |
