WormBase Tree Display for Gene: WBGene00001077
expand all nodes | collapse all nodes | view schema
| WBGene00001077 | SMap | S_parent | Sequence | CHROMOSOME_III | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identity | Version | 1 | |||||||
| Name | CGC_name | dpy-18 | Person_evidence | WBPerson261 | |||||
| Sequence_name | Y47D3B.10 | ||||||||
| Molecular_name | Y47D3B.10 | ||||||||
| Y47D3B.10.1 | |||||||||
| CE20261 | |||||||||
| Other_name | phy-1 | ||||||||
| T28D6.1 | Paper_evidence | WBPaper00005747 | |||||||
| CELE_Y47D3B.10 | Accession_evidence | NDB | BX284603 | ||||||
| Public_name | dpy-18 | ||||||||
| DB_info | Database | AceView | gene | 3M464 | |||||
| WormQTL | gene | WBGene00001077 | |||||||
| WormFlux | gene | WBGene00001077 | |||||||
| NDB | locus_tag | CELE_Y47D3B.10 | |||||||
| Panther | gene | CAEEL|WormBase=WBGene00001077|UniProtKB=Q10576 | |||||||
| family | PTHR10869 | ||||||||
| NCBI | gene | 176569 | |||||||
| RefSeq | protein | NM_067063.6 | |||||||
| KEGG | KEGG_id | 1.14.11.2 | |||||||
| NemaPath | KEGG_id | 1.14.11.2 | |||||||
| SwissProt | UniProtAcc | Q10576 | |||||||
| UniProt_GCRP | UniProtAcc | Q10576 | |||||||
| OMIM | gene | 600608 | |||||||
| Species | Caenorhabditis elegans | ||||||||
| History | Version_change | 1 | 07 Apr 2004 11:29:22 | WBPerson1971 | Event | Imported | Initial conversion from geneace | ||
| Status | Live | ||||||||
| Gene_info | Biotype | SO:0001217 | |||||||
| Gene_class | dpy | ||||||||
| Reference_allele | WBVar00143150 | ||||||||
| Allele (101) | |||||||||
| Possibly_affected_by | WBVar02158838 | ||||||||
| Legacy_information | e364amber : medium dumpy. ES3 (adult) ES2 (larvae). ME2. NA3 (e499 e1270). | ||||||||
| See also e1862 | |||||||||
| [C.elegansII] e364amb : medium dumpy. ES3 (adult) ES2 (larvae). ME2. Males have abnormal lumpy rays (Ram) at 25C. OA>10: e499, e1270, e1862,s361fdi, s1304 (induced on eT1), bx26 (Ram at 25C), h662. [Brenner 1974; Baird and Emmons 1990; PB] | |||||||||
| Strain (219) | |||||||||
| RNASeq_FPKM (74) | |||||||||
| GO_annotation (27) | |||||||||
| Ortholog (60) | |||||||||
| Paralog | WBGene00015773 | Caenorhabditis elegans | From_analysis | TreeFam | |||||
| WormBase-Compara | |||||||||
| WBGene00004026 | Caenorhabditis elegans | From_analysis | TreeFam | ||||||
| WormBase-Compara | |||||||||
| WBGene00012815 | Caenorhabditis elegans | From_analysis | TreeFam | ||||||
| WormBase-Compara | |||||||||
| WBGene00004025 | Caenorhabditis elegans | From_analysis | Panther | ||||||
| WormBase-Compara | |||||||||
| WBGene00077688 | Caenorhabditis elegans | From_analysis | WormBase-Compara | ||||||
| Structured_description | Concise_description | dpy-18 encodes a catalytic alpha subunit of collagen prolyl 4-hydroxylase (P4H) orthologous to human P4H alpha (I) isoform (OMIM: 176710), an alpha subunit of prolyl-4-hydroxylase which is a procollagen modifying enzyme required for exoskeleton formation, morphogenesis and maintenance of body shape; dpy-18 has a critical role in hydroxylation of cuticle collagens during collagen synthesis; dpy-18, in complex with phy-2, is essential for the survival of the C. elegans; dpy-18 mutations alone result in a mild dumpy phenotype; expressed dpy-18 and ten-1 act in parallel influencing the connection between epidermis and muscle during embryonic development; deletion of dpy-18 causes aggregation of collagen IV in body wall muscles in elongated embryos and triggers the loss of tissue integrity in ten-1 mutants; dpy-18 is expressed throughout the hypodermis, head and posterior neurons. | Paper_evidence | WBPaper00004203 | |||||
| WBPaper00031524 | |||||||||
| WBPaper00039988 | |||||||||
| Curator_confirmed | WBPerson12884 | ||||||||
| WBPerson324 | |||||||||
| Date_last_updated | 18 Aug 2011 00:00:00 | ||||||||
| Automated_description | Enables procollagen-proline 4-dioxygenase activity. Involved in several processes, including cuticle development involved in collagen and cuticulin-based cuticle molting cycle; embryo development; and embryonic body morphogenesis. Located in endoplasmic reticulum. Expressed in hypodermis; muscle cell; neurons; and pharynx. Human ortholog(s) of this gene implicated in myopia. Is an ortholog of human P4HA1 (prolyl 4-hydroxylase subunit alpha 1) and P4HA2 (prolyl 4-hydroxylase subunit alpha 2). | Paper_evidence | WBPaper00065943 | ||||||
| Curator_confirmed | WBPerson324 | ||||||||
| WBPerson37462 | |||||||||
| Inferred_automatically | This description was generated automatically by a script based on data from the WS291 version of WormBase | ||||||||
| Date_last_updated | 29 Nov 2023 00:00:00 | ||||||||
| Disease_info | Potential_model | DOID:11830 | Homo sapiens | Inferred_automatically | Inferred by orthology to human genes with DO annotation (HGNC:8547) | ||||
| Molecular_info | Corresponding_CDS | Y47D3B.10 | |||||||
| Corresponding_transcript | Y47D3B.10.1 | ||||||||
| Other_sequence (83) | |||||||||
| Associated_feature (11) | |||||||||
| Experimental_info | RNAi_result | WBRNAi00056767 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||
| WBRNAi00115627 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00027622 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00026722 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00094817 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00065822 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00094816 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00009344 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| WBRNAi00019394 | Inferred_automatically | RNAi_primary | |||||||
| Expr_pattern | Expr1085 | ||||||||
| Expr1928 | |||||||||
| Expr1931 | |||||||||
| Expr12145 | |||||||||
| Expr1012505 | |||||||||
| Expr1030685 | |||||||||
| Expr1160222 | |||||||||
| Expr1200375 | |||||||||
| Expr2011060 | |||||||||
| Expr2029297 | |||||||||
| Drives_construct | WBCnstr00008961 | ||||||||
| WBCnstr00010073 | |||||||||
| WBCnstr00010524 | |||||||||
| WBCnstr00020362 | |||||||||
| WBCnstr00037095 | |||||||||
| Construct_product | WBCnstr00008961 | ||||||||
| WBCnstr00008962 | |||||||||
| WBCnstr00008963 | |||||||||
| WBCnstr00010073 | |||||||||
| WBCnstr00037095 | |||||||||
| Antibody | WBAntibody00000539 | ||||||||
| Microarray_results (22) | |||||||||
| Expression_cluster (232) | |||||||||
| Interaction (111) | |||||||||
| WBProcess | WBbiopr:00000124 | ||||||||
| Map_info | Map | III | Position | 8.85117 | Error | 0.054776 | |||
| Well_ordered | |||||||||
| Positive | Inside_rearr | tDp1 | |||||||
| mT1 | |||||||||
| Positive_clone | Y47D3B | Inferred_automatically | From sequence, transcript, pseudogene data | ||||||
| Mapping_data | 2_point (58) | ||||||||
| Multi_point | 64 | ||||||||
| 70 | |||||||||
| 74 | |||||||||
| 75 | |||||||||
| 80 | |||||||||
| 81 | |||||||||
| 83 | |||||||||
| 84 | |||||||||
| 85 | |||||||||
| 89 | |||||||||
| 90 | |||||||||
| 91 | |||||||||
| 92 | |||||||||
| 211 | |||||||||
| 212 | |||||||||
| 213 | |||||||||
| 214 | |||||||||
| 215 | |||||||||
| 216 | |||||||||
| 219 | |||||||||
| 220 | |||||||||
| 221 | |||||||||
| 255 | |||||||||
| 256 | |||||||||
| 300 | |||||||||
| 301 | |||||||||
| 356 | |||||||||
| 369 | |||||||||
| 370 | |||||||||
| 375 | |||||||||
| 430 | |||||||||
| 469 | |||||||||
| 471 | |||||||||
| 472 | |||||||||
| 473 | |||||||||
| 474 | |||||||||
| 476 | |||||||||
| 482 | |||||||||
| 489 | |||||||||
| 493 | |||||||||
| 500 | |||||||||
| 503 | |||||||||
| 514 | |||||||||
| 561 | |||||||||
| 562 | |||||||||
| 581 | |||||||||
| 584 | |||||||||
| 588 | |||||||||
| 599 | |||||||||
| 601 | |||||||||
| 854 | |||||||||
| 864 | |||||||||
| 1075 | |||||||||
| 1076 | |||||||||
| 1077 | |||||||||
| 1081 | |||||||||
| 1083 | |||||||||
| 1084 | |||||||||
| 1085 | |||||||||
| 1248 | |||||||||
| 1252 | |||||||||
| 1253 | |||||||||
| 1362 | |||||||||
| 1364 | |||||||||
| 1406 | |||||||||
| 1420 | |||||||||
| 1505 | |||||||||
| 1510 | |||||||||
| 1635 | |||||||||
| 1658 | |||||||||
| 1659 | |||||||||
| 1660 | |||||||||
| 1661 | |||||||||
| 1715 | |||||||||
| 1728 | |||||||||
| 1735 | |||||||||
| 1752 | |||||||||
| 1756 | |||||||||
| 1757 | |||||||||
| 1808 | |||||||||
| 1811 | |||||||||
| 1812 | |||||||||
| 1814 | |||||||||
| 1815 | |||||||||
| 1816 | |||||||||
| 1824 | |||||||||
| 1835 | |||||||||
| 2027 | |||||||||
| 2028 | |||||||||
| 2029 | |||||||||
| 2032 | |||||||||
| 2111 | |||||||||
| 2116 | |||||||||
| 2117 | |||||||||
| 2200 | |||||||||
| 2201 | |||||||||
| 2202 | |||||||||
| 2203 | |||||||||
| 2204 | |||||||||
| 2205 | |||||||||
| 2212 | |||||||||
| 2235 | |||||||||
| 2241 | |||||||||
| 2244 | |||||||||
| 2246 | |||||||||
| 2248 | |||||||||
| 2249 | |||||||||
| 2250 | |||||||||
| 2306 | |||||||||
| 2338 | |||||||||
| 2762 | |||||||||
| 3053 | |||||||||
| 3054 | |||||||||
| 3108 | |||||||||
| 3109 | |||||||||
| 3111 | |||||||||
| 3139 | |||||||||
| 3236 | |||||||||
| 3237 | |||||||||
| 3246 | |||||||||
| 3247 | |||||||||
| 3248 | |||||||||
| 3261 | |||||||||
| 3262 | |||||||||
| 3263 | |||||||||
| 3264 | |||||||||
| 3265 | |||||||||
| 3112 | |||||||||
| 3366 | |||||||||
| 3368 | |||||||||
| 3403 | |||||||||
| 3440 | |||||||||
| 3449 | |||||||||
| 3521 | |||||||||
| 3522 | |||||||||
| 3536 | |||||||||
| 3543 | |||||||||
| 3544 | |||||||||
| 3719 | |||||||||
| 3795 | |||||||||
| 3904 | |||||||||
| 3916 | |||||||||
| 3917 | |||||||||
| 4570 | |||||||||
| 5710 | |||||||||
| Pos_neg_data (11) | |||||||||
| Landmark_gene | |||||||||
| Reference (127) | |||||||||
| Method | Gene |
