WormBase Schema for Model: Sequence
expand all nodes | collapse all nodes
?Sequence | DNA | UNIQUE | ?DNA | UNIQUE | Int | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SMap | S_parent | UNIQUE | Canonical_parent | UNIQUE | ?Sequence | XREF | Genomic_non_canonical | |||||||
Genomic_parent | UNIQUE | ?Sequence | XREF | Nongenomic | ||||||||||
AGP_parent | UNIQUE | ?Sequence | XREF | AGP_fragment | ||||||||||
S_child (15) | ||||||||||||||
Structure | From | Source | UNIQUE | ?Sequence | XREF | Subsequence | ||||||||
Source_exons | Int | UNIQUE | Int | |||||||||||
Subsequence | ?Sequence | XREF | Source | UNIQUE | Int | UNIQUE | Int | |||||||
Overlap_right | UNIQUE | ?Sequence | XREF | Overlap_left | UNIQUE | Int | ||||||||
Overlap_left | UNIQUE | ?Sequence | XREF | Overlap_right | ||||||||||
Gap_right | UNIQUE | Int | Text | |||||||||||
Clone_left_end | ?Clone | XREF | Clone_left_end | UNIQUE | Int | |||||||||
Clone_right_end | ?Clone | XREF | Clone_right_end | UNIQUE | Int | |||||||||
Flipped | ||||||||||||||
DB_info (7) | ||||||||||||||
Origin (13) | ||||||||||||||
Visible (15) | ||||||||||||||
Properties | Genomic_canonical | Gene_count | UNIQUE | Int | ||||||||||
Briggsae_canonical | ||||||||||||||
Genomic | ||||||||||||||
Checksum | MD5 | UNIQUE | Text | |||||||||||
CRC64 | UNIQUE | Text | ||||||||||||
cDNA | cDNA_EST | |||||||||||||
EST_5 | ||||||||||||||
EST_3 | ||||||||||||||
Capped_5 | ||||||||||||||
TSL_tag | ||||||||||||||
EST_consensus | ||||||||||||||
RNA | UNIQUE | mRNA | UNIQUE | Processed_mRNA | ||||||||||
Unprocessed_mRNA | ||||||||||||||
tRNA | Type | UNIQUE | Text | |||||||||||
Anticodon | UNIQUE | Text | ||||||||||||
rRNA | UNIQUE | Text | ||||||||||||
snRNA | UNIQUE | Text | ||||||||||||
snoRNA | UNIQUE | Text | ||||||||||||
scRNA | UNIQUE | Text | ||||||||||||
miRNA | UNIQUE | Text | ||||||||||||
ncRNA | UNIQUE | Text | ||||||||||||
Ignore | #Evidence | |||||||||||||
Show_in_reverse_orientation | ||||||||||||||
Status | Received | UNIQUE | DateType | |||||||||||
Library_construction | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Shotgun | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Shotgun_complete | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Contiguous | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Finished | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Submitted | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Annotated | UNIQUE | DateType | ||||||||||||
Archived | UNIQUE | DateType | UNIQUE | Text | ||||||||||
Match_type | UNIQUE | Match_with_function | ||||||||||||
Match_without_function | ||||||||||||||
Link | ||||||||||||||
Splices | Confirmed_intron | Int | Int | #Splice_confirmation | ||||||||||
Predicted_5 | ?Method | Int | Int | UNIQUE | Float | |||||||||
Predicted_3 | ?Method | Int | Int | UNIQUE | Float | |||||||||
Cluster_information (2) | ||||||||||||||
Map | ?Map | XREF | Sequence | #Map_position | ||||||||||
Interpolated_map_position | UNIQUE | ?Map | UNIQUE | Float | ||||||||||
Oligo | ?Oligo | XREF | In_sequence | Int | UNIQUE | Int | ?Method | |||||||
Defines_feature | ?Feature | XREF | Defined_by_sequence | #Evidence | ||||||||||
Assembly_tags | Text | Int | Int | Text | ||||||||||
Homol | DNA_homol | ?Sequence | XREF | DNA_homol | ?Method | Float | Int | UNIQUE | Int | Int | UNIQUE | Int | #Homol_info | |
Pep_homol | ?Protein | XREF | DNA_homol | ?Method | Float | Int | UNIQUE | Int | Int | UNIQUE | Int | #Homol_info | ||
Motif_homol | ?Motif | XREF | DNA_homol | ?Method | Float | Int | UNIQUE | Int | Int | UNIQUE | Int | #Homol_info | ||
Homol_homol | ?Homol_data | XREF | DNA_homol | ?Method | Float | Int | UNIQUE | Int | Int | UNIQUE | Int | #Homol_info | ||
Method | UNIQUE | ?Method |